Genau, momentan kann die API noch keine Verbindung zu einer beliebigen Datenbank erstellen (sie bietet lediglich Zugriff auf die Weltdatenbank), aber trotzdem kann man unabhängig von der API mit Java eine eigene Verbindung aufbauen. Das benötigt allerdings die passenden JDBC Treiber. Man kann dazu aus dem Serververzeichnis die sqlite-jdbc-3.7.2.jar für SQLite Verbindungen und die mariadb-java-client-1.1.8.jar für MySQL Verbindungen in sein Plugin-Projekt laden (müssen später nicht mit ausgeliefert werden, da der Server diese ja bereits hat), diese ermöglichen alle Datenbankzugriffe.
Ein "einfacher" Weg über die API eine eigene Datenbankverbindung aufzubauen (oder eine eigene SQLite Datenbank anzulegen, ähnlich wie bei der alten Lua API) sind aber ebenfalls geplant 
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