Du findest hier eine Übersicht und Erklärung der Permissions (leider nur auf Englisch): Permissions [New Version]
Dort gibts auch eine Übersicht über alle Permissions 
Grundsätzlich ist es so, dass die default.json die Grundpermission für sämtliche Spieler auf dem Server ist. Alle Group- und Area-Permissions werden davon abgeleitet und können dann einzelne Berechtigungen überschreiben.
Wenn du einen Spieler einer Permissiongruppe zuweist (mit dem setplayergroup bzw. spg Befehl), wird die entsprechende Group-Permission für ihn aktiv.
Area-Permissions hingegen sind explizit für das Area-System gedacht, d.h. die Areas, die du im Creative-Modus unter F9 erstellen kannst. Dort kannst du eine Standardpermission festlegen (also eine Area-Permission), die dann nur innerhalb dieser Area aktiv ist. Das gilt dann erstmal für alle Spieler, die diese Area betreten. Optional kann dann auch pro Spieler eine eigene Permission pro Area festgelegt werden.
Wenn du Admin bist, gibts allerdings einen kleinen Fallstrick: Denn als Admin gelten Permissions nicht für dich, was beim Testen schnell für Verwirrung sorgt. Auch die standardmäßig als Beispiel mitgelieferte "admin.json" Group-Permission hat erstmal nichts mit klassischen Admins (die in der server.properties eingetragen sind) zutun - grundsätzlich ist es erstmal nur eine Gruppe wie jede andere auch, die halt "admin" heißt.
Idealerweise solltest du folgendes machen, wenn du Admin bist und Permissions einstellen möchtest: Weise dich selbst der "admin" Group zu (via spg Befehl), danach solltest du in der server.properties folgende Einstellung setzen: Permissions_AdminsFullPermissions=False. Das sorgt dafür, dass Admins keine festgelegte Permission mehr haben, sondern direkt vom Permission-System betroffen sind. Da du nun aber in der "admin" Group bist, kannst du deine Permissions dann direkt über die admin.json Permission-Datei anpassen 
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