permissions wurden bei mir immer Manuel in Gruppen angelegt, so das ich die Spieler nur zuordnen Brauch.
Das kannst du auch hier machen. Einfach permissions.yml mit Notpad++ öffnen und Permissions manuell der Gruppe zuweisen. Dass kannst du auch machen, wenn der Server läuft. Mit /pm reload kannst du die Permissions neu laden.
Später gibt es auch eine Liste aller Permissions. Zurzeit findest du alle Permissions zum PluginManager in der Beschreibung unter Kommandos.
Wie verhält sich das Plugin den mit den jetzt exestierenden permissions ? Kann ich die noch benutzen oder muss ich erstmal sagen wir 6 unterschiedliche anlegen die dann identisch mit der aktuellen Zuweisung ist ?
Der PermissinManager kümmert sich ja zum großen Teil eigendlich um Plugin-Permissins.
Aber wie ich breits in anderen Plugins gesagt habe: "Was man mit den Server-Permissions verboten hat , kann man mit einem Plugin nicht wieder erlauben." Manche Sachen kannst du später auch mit dem PermissionManager regeln und manchen sachen nicht.
group: Member <-- = Gruppenname
chatnamecolor: 0xFF0000 <--- ChatColor
chatprefix: (Member) <---- Prefix
chatprefixcolor: 0xFF0000 <--- ChatColor ODER config.yml
shownametag: true <---- Nicht mit API direkt kontrollierbar
showadmintag: false <---- Nicht mit API direkt kontrollierbar
nametagcolor: 0xFF0000 <---- Nicht mit API direkt kontrollierbar
nametagprefix: (Member) <---- Nicht mit API direkt kontrollierbar
nametagprefixcolor: 0xFF0000 <---- Nicht mit API direkt kontrollierbar
- * <---- Wird evtl. mit Modifyworld kotrollierbar sein
fly: true <---- In Modifyworld (modifyworld.fly)
enabled: true <---- In Modifyworld (modifyworld.customimages.upload)
maxupload: 20 <---- Nicht mit API direkt kontrollierbar
dimension: 200 <---- Nicht mit API direkt kontrollierbar
deny: <---- In Modifyworld (modifyworld.gamemode.<*|creative|survival>)
use: false <----- In Modifyworld (modifyworld.blueprints.use)
create: false <----- In Modifyworld (modifyworld.blueprints.create)
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Du sieht, mann kann vieles von den Server-Permissions übernehmen, aber nicht alles.
Es wird auch noch eine Einstellung kommen, ob man z.B. für den Chat die Server-Einstellung oder die PermissionManager-Einstellung übernehmen möchte.
In welchen Sprachen ist die Bedienung ?
Zurzeit kommen alle Antworten vom Plugin in englisch raus. Deutsch kommt aber auch irgendwann noch.
Zu Anfang dachte ich erst das es eine Liste wäre der ich einen Namen gebe und dann überall ja oder Nein bezw den Wert eingebe. Abspeichern und dann kann ich Spieler dieser zuweisen.
Das Problem ist nur, dass ich vorher nicht weiß, welche Permissions es geben wird. Das machen jetzt die Programmierer der Plugins. Mit dem .* kannst du viel Schreibarbeit spaaren. Wenn du hilfe brauchst, dann sag bescheid. Es gibt mehrere Möglichkeiten den die Permissions zu schreiben und das gleiche Ziel zu erreichenn
Zum Schluss, werde ich es die Tage natürlich auch in die Plugin Liste eintragen.
Vielen Dank. 
Kleiner Tipp am Rande: Ich würde mit dem Befehl /pm group <group> create erstmall alle anlegen und dann die Permissions mit Notpad++ einfügen.
Der Spieler hat nur die Berechtigung, wenn unter permissions: ein Postives Permission eingetragen ist.
Beispiel: Gesuchte Permission ist "modifyworld.fly"
1. Fall: Spieler bzw. Gruppe hat die Permission nicht: Spieler darf nicht fliegen!
2. Fall: Spieler bzw. Gruppe hat Negativ-Permission (also: - -modifyworld.fly )
Spieler darf nicht fliegen!
3. Fall: Spieler bzw. Gruppe hat Positiv-Permission (also: - modifyworld.fly ohne 2. - ) - Spieler darf fliegen.
4. Fall: Gruppe hat Negativ-Permission und Spieler hat Positv-Permission: Spieler darf fliegen, da Spieler-Permissions eine höhere Priorität haben, als die Gruppe.
5. Fall: Gruppe hat Positiv-Permission und Spieler hat Negativ-Permission: Spieler darf nicht fliegen, da wie in Fall 4 die Priorität wieder beim Spieler ist und nicht bei der Gruppe.