Dass Worldparts teilweise mehr als 2 Sekunden zum generieren brauchen ist - abhängig von der CPU - normal (immerhin enthält ein Worldpart mehr als 73.000 Chunks)
Damit das ganze aber nicht zu problematisch wird, werden Worldparts nach dem erstmaligen Generieren im "cache" Ordner abgespeichert (das Laden dieser Worldparts geht dann deutlich schneller vonstatten). D.h. es fällt vor allem dann ins Gewicht, wenn diese Teile der Welt zum ersten Mal geladen werden (vor allem wenn man fliegt).
Die Meldung von Nitrado ist dennoch problematisch: Der Server wurde heruntergefahren, da er zu viel Last generiert hat obwohl keine Spieler darauf spielen würden. Das Problem ist aber, dass Nitrado nicht erkennt, ob Spieler auf dem Server spielen. Für Queryanfragen wird der falsche Port verwendet (4256 anstelle von 4254), wodurch auch in regelmäßigen Abständen auch im Log ein Fehler auftritt (da der Server das als neuen Client intepretiert). Wir hatten Nitrado bereits diesbezüglich kontaktiert, aber ich fürchte, dass das untergegangen ist...
Jedenfalls ist die Folge, dass Nitrado niemals Spieler auf dem Server erkennt, wodurch er nun durch zu hohe Last abgeschaltet wurde (die Meldung impliziert zumindest, dass das nicht passiert wäre, wenn Spieler online wären).
Andererseits ist 1 GB RAM auch recht wenig. Das ist eher dafür geeignet, wenn nicht viel gebaut wird und nur wenige Spieler auf dem Server spielen. Das kann die Situation in dem Fall nochmals verschärfen.
Das Hauptproblem bleibt aber vermutlich eher die CPU. Hier können wir natürlich keine Aussage darüber treffen, welche CPU bei Nitrado verwendet wird und wieviele Server sich eine CPU teilen. Üblicherweise werden meist größere CPUs verwendet (zB 32 Kerne) und darauf laufen dann viele Server Instanzen.
Ob am RAM was gemacht werden müsste könntest du Ingame überprüfen. Die Memoryanzeige bei Nitrado wird vermutlich nicht den korrekten Memoryverbrauch widerspiegeln, da Java grundsätzlich mehr RAM reserviert, als verbraucht wird (d.h. es kann sein, dass bereits beim Start 1 GB RAM reserviert werden [auch der Windows Taskmanager bspw. würde dann sagen, dass Java 1 GB RAM verbraucht], obwohl der tatsächliche Verbrauch nur bei 400 MB liegt).
Um eine verlässliche Auskunft über den RAM-Verbrauch zu erhalten, kannst du ingame den Konsolenbefehl getserverinfo memory eingeben. Der relevante Wert steht bei "Used memory". Am besten den Befehl mehrmals hintereinander eingeben, da sich der RAM Verbrauch schlagartig ändern kann.
Ein Wechsel von SQLite auf MySQL kann sinnvoll sein, wenn mehrere Spieler auf dem Server spielen. Ansonsten bleibt der Leistungszuwachs eher überschaubar 
Ich würde empfehlen, den Nitrado-Support zu kontaktieren. Ein Problem ist hier nämlich die Erkennung, ob Spieler auf dem Server sind oder nicht. Ich weiß natürlich nicht, ob der Server sich anders verhalten hätte, wenn Spieler erkannt worden wären, das wäre aber zumindest naheliegend. Über den Queryport 4254 lässt sich die Spielerzahl auslesen, nicht aber über den von Nitrado verwendeten Port 4256.