Hmm... das ist eigenartig... Vielleicht ist die standardmäßige Spawnrate vom Spiel her noch zu hoch eingestellt, was dann gerade bei MP Servern schnell die Dungeons überbevölkert.
Vielleicht könntest du die Spawnrate in den server.properties etwas herunterstellen. Die Einstellung settings_npc_spawnrate_enemies_dungeon bestimmt die Spawnrate für Skelette. Statt 1.0 könntest du sie auf 0.5 oder 0.25 oder gar 0.1 stellen, dann solllten definitiv weniger Skelette spawnen (das betrifft aber leider nicht bereits gespawnte Skelette)... vielleicht macht es Sinn, wenn wir zusätzlich noch eine maximale Lebensdauer für Skelette einbauen, sodass diese nach ein paar Tagen automatisch sterben.