Ich habe immer noch das Problem, dass sich urplötzlich das Terrain-Tool einschaltet.
Das sollte nicht von alleine geschehen. Höchstwahrscheinlich wird in irgendeiner Form ein Eingabesignal (nämlich F5) an das Spiel gesendet, entweder durch ein anderes Eingabegerät, oder durch ein Treiberproblem (oder Software, die in irgendeiner Form Einfluss auf das Eingabesignal nehmen kann).
Das schwarze Loch ist normales Tageslicht, das normal aussehende mit "L".
Die schwarze Stelle ist quasi der Schatten des kaputten Chunkstücks in der Luft. Wodurch der fliegende Chunk auftritt ist im Nachhinein schwer zu sagen, da aber mit den vorherigen Updates die Welt teilweise etwas durcheinandergewürfelt wurde kann es sein, dass in der Zwischenzeit jemand einen dieser Chunks bearbeitet hat (also als zwischenzeitilich fälschlicherweise anderes Terrain dort angezeigt wurde). Wenn ein Chunk bearbeitet wird, wird dieser dauerhaft in der Datenbank gespeichert, und demnach ist auch nachdem die Welt in einem der nachfolgenden Hotfixes korrigiert wurde, würde das diesen gespeicherten Chunk nicht betreffen.
Beim Hochlade dieses L-Bildes ist auch ein Fehler aufgetreten, daher hab ich Bild ausgeschnitten.
Das kann viele Ursachen haben, vielleicht ein Paketverlust oder sonst was. In solchen Fällen einfach das Bild erneut hochladen 
Es geht noch weiter. Chat funktioniert mit Zeitverzögerung und jetzt sehe ich beim Gebiet sichern Loch im Berg.
Was bedeutet Zeitverzögerung? Bis der Chat geöffnet ist, oder bis die abgesendete Nachrichtim Chat erscheint? Letzteres ist server- bzw. internetabhängig, d.h. die Nachricht, die du sendest, wird erst an den Server gesendet und kommt dann wieder zurück. Wenn entweder der Server ausgelastet oder die Internetverbindung Ärger macht (hoher Ping), dann wirkt sich das dementsprechend aus.
Das Loch im Berg kann übrigens im Creativemodus mit F10 problemlos geschlossen werden.
Aber hab auch ne Merkwürdigkeit gefunden, wenn ich ein Baum schlage und er fällt um und ich dann den Stumpf abhacken will, kommt der sound sehr spät. Weiss nicht, ob das nur bei mir so ist, bin ja unter linux (Standalone) unterwegens.
Tritt denn "Kollision" mit dem Stumpf auf? Als schlägt die Axt trotzdem darauf (siehst du kleine Partikeleffekte), oder schlägt die Axt quasi ins Leere? Kannst du währenddessen durch den Stumpf hindurchlaufen?