Das klassische bzw. natürliche Wasser wird sich leider nicht an solche Formen anpassen können - das ist technisch mit heutiger Hardware nicht möglich, da das Wasser dafür eine deutlich kleinere Tröpfchengröße benötigt. Gleichzeitig muss Wasser aber auch persistent sein, d.h. der Zustand bzw. die Position in der Welt gespeichert werden. Ebenso muss es im Multiplayer synchronisiert werden. Ansätze, wie man in einigen Grafikdemos sieht (GPU Wasser, meist auch nur im kleinen Maßstab) funktionieren daher nicht.
Derzeit besteht ein komplett mit Wasser gefüllter Chunk (32x64x32 Blöcke) aus 65.536 "Wassertropfen" (in Blockgröße). Für präziseres Wasser müsste so ein Tropfen eher die Größe von 0.1 oder gar 0.05 Blöcken haben (vmtl. wäre auch das für kleine Behälter noch zu grob). Bei einer Größe von 0.05 bestünde ein einzelner Chunk bereits aus 524 Millionen Wassertropfen. Das ist einerseits viel zu viel zum Berechnen, andererseits zu viel zum Speichern oder im MP zu snychronisieren...
Als Lösung wird es aber später die Möglichkeit geben, eine Wassertextur auf Bauteile zu legen. Damit wird man beliebige Formen oder Behälter mit Wasser ausfüllen können 
Eine andere Sache ist das Terrain anzupassen. Ich spreche nicht vom der allgemeinen Möglichkeiten mit dem Tool, sondern, die Höhen von Gebäuden mit der Umgebung in Einstimmung zu bringen.
Mein Beispiel ist mein alter Friedhof. Wie man unschwer erkennen kann, ist die Hälfte der Grabsteine im Boden verschwunden. Höhenanpassung des Terrains funktioniert nicht, die einzige Möglichkeit ist abreißen und neu hinsetzen, aber dann stimmt die restliche Umgebung nicht mehr. Man versucht ja sein Bestes, aber einen Friedhof mit Platten zu verkleiden oder zukünftige Terrainplatten zu verwenden, ist auch nicht schön. Das Terrain hat im Gegensatz zur gebauten Umgebung immer einen Höhenunterschied. Ich frage mich zwar seit Jahren, warum das so sein muss?
Blöcke mit einer Größe von 1x1x1 ragen, wenn sie im Raster (größte Stufe) auf flachen Terrain platziert wurden, standardmäßig ein kleines Stückchen heraus. Der Grund liegt darin, dass dadurch das Bauen von Fundamenten usw. in vielen Situationen vereinfacht wird. Das können wir nicht mehr ändern ohne alte Welten zu zerschießen.
Statt das Terrain zu verschieben bzw. zu ändern, können aber Blöcke natürlich verkleinert oder frei platziert werden, damit sie zB direkt auf dem Terrain aufliegen.
Langfristig wäre es sonst ggf. noch denkbar, dass optional das Raster der Blöcke verschoben werden könnte 