Es ist leider schwer zu sagen, was das genau verursacht. Das kann aber definitiv nicht vom Spiel kommen: Das Spiel hat keine Möglichkeit, einen alten Speicherstand wiederherzustellen. Wenn eine Welt gespeichert wird, wird der alte Zustand überschrieben, d.h. das Spiel kann von sich aus auch nicht mehr auf eine vorherige Version einer Welt zurückspringen. Die Daten sind wie gesagt nicht vorhanden, daher ist es unmöglich, dass bspw. ein Bug dieses Verhalten verursacht. Was höchstens passieren kann ist, dass Änderungen gar nicht gespeichert werden (wenn bspw. das Spiel nicht auf die Festplatte schreiben kann) - damit gehen aber dann lediglich die letzten Änderungen verloren. Es kann nicht sein, dass dadurch bspw. gestern eine Welt den korrekten Stand hat, heute allerdings plötzlich den Stand von letzter Woche o.ä.
Die Steam Cloud wäre tatsächlich meine naheliegendste Vermutung für so ein eigenartiges Verhalten, wobei das trotzdem schon sehr komisch wäre (und du sagst ja, dass du sie ausgeschaltet hast, daher kanns wohl nicht daran liegen)
Wird die Welt denn immer wieder auf den gleichen Stand (von vor 2 Wochen) zurückgesetzt? Verwendest du irgendeine Backup-Software, die möglicherweise einen alten Zustand wiederherstellt?