Kann es vielleicht sein, dass du beim ersten mal Disconnected bist und dann Server neu gestartet hast.
Und beim Zweiten mal ohne zu Disconnecten den Server neu gestartet hast?
Edit: Stell doch mal auf dem Testserver, in der Plugin-Config, den Debug auf 1.
Dann kannst du in der Console sehen, ob das NPC seine Position geändert hat
und ob das NPC beim Neustart seine Position erhalten hat.