Schwer zu sagen, was sowas letztenendes verursacht
Wie gesagt, es kann ein Hardwareproblem der Festplatte sein, es kann aber auch - was i.d.R. wahrscheinlicher ist - durch Software verursacht werden (Antiviren-Programm). Am BIOS, der CMOS Batterie oder allgemein dem Mainboard liegt das mit ziemlicher Sicherheit nicht.
Wenn das Problem auftritt, könntest du mir evtl. einmal einen Log senden (der neueste Log aus dem "Logs" Ordner).
Der schnellste Weg, zu prüfen, ob die Welt gespeichert wird, wäre eine Änderung vorzunehmen (zB einen Block platzieren), danach ins Hauptmenü wechseln (nicht das Spiel beenden, nur ins Hauptmenü zurückkehren) und die Welt erneut zu laden. Wenn die Änderung dann immernoch vorhanden ist, dann ist die Welt definitiv korrekt gespeichert. Wenn das hinterher wieder nachträglich verschwinden sollte, dann ist da irgendwas gewaltig faul (das Spiel hat keine Möglichkeit, zu alten Speicherpunkten zurückzukehren) - der erste Kandidat wäre hier evtl. die Steam Cloud (die könntest du testweise auch deaktivieren: es ist möglich, sie bspw. nur für RW auszuschalten).